Музейная коллекция «Бонистика» сегодня насчитывает 494 единицы хранения. Значительную часть коллекции составляют денежные знаки Российской империи образца 1898, 1905, 1909, 1910, 1914, 1915, 1917, 1918 годов различного номинала. Также имеются расчётные знаки РСФСР образца 1919-1922 годов и денежные знаки СССР образца 1923, 1937, 1938, 1947, 1961, билеты Банка России образца 1993 и 1995 годов.

Коллекция «Бонистика» сформирована главным образом за счёт сбора бонн сотрудниками музея за годы его существования.

Наибольший интерес в музейной коллекции представляют денежные знаки различных временных правительств, выпускавших собственные деньги в годы интервенции и гражданской войны в России. Эти купюры в музей поступили в 1920-е годы от частных лиц.

В 1923 г. в музей были переданы в дар Чебыкиным (известна только фамилия дарителя) 6 купюр, из них «Денежный знак полевого казначейства Северо-западного фронта» номиналом 50 копеек, выпуска 1919 г. за подписью главнокомандующего армией генерала Н.Н. Юденича; денежные знаки Сибирского Временного правительства выпуска 1918 г. и «Краткосрочное обязательство Государственного казначейства г. Омска», номиналом 50 рублей, выпуска 1919 г.; украинские купюры «Разменный билет г. Одессы» номиналом 5 рублей, выпуска 1917 г. и «Знак державной Скарбницы» номиналом 50 карбованцев.

Попов Александр Андреевич передал в дар музею в 1923 г. 12 денежных знаков Сибирского правительства, среди них: «Кредитные билеты Урала» выпуска 1918 г., «Разменная марка Екатеринбургского Отделения Государственного Банка» выпуска 1918 г.

Учитель Суханов Евграф Иванович в 1926 г. передал в дар музею 10 денежных знаков различного номинала Донского правительства выпуска 1918 и 1919 гг.

Экскурсант Николай Пермогоров из села Красноборск в 1928 г. передал в дар музею «5% краткосрочное обязательство Временного правительства Северной области» номиналом 500 рублей. Это Временное правительство утвердилось в 1918 г. в городе Архангельске во главе с Н.В. Чайковским.

Среди денежных знаков в музейной коллекции имеется несколько экземпляров, так называемых, денежных суррогатов: денежные знаки Читинского отделения государственного банка и Благовещенского банка выпуска 1920 г., авансовая карточка Хабаровского кооперативного банка выпуска 1919 г., билеты Союза приамурских кооперативов г. Владивостока, разменный билет Николаевского на Амуре Государственного банка выпуска 1920 г.